Markus Peter ist 1957 in Zürich geboren. Er schliesst eine Lehre als Tiefbauzeichner ab und studiert als Gasthörer Philosophie an der Freien Universität Berlin. 1984 erlangt Markus Peter das Diplom für Architektur an der Technischen Hochschule Winterthur.
Ab 1985 bis 1988 arbeitet der junge Architekt zuerst als Assistent bei Prof. Dolf Schnebli und dann bei Prof. Mario Campi an der ETH Zürich. Parallel zur Forschungs- und Lehrtätigkeit beginnt die freie Tätigkeit als Architekt und Zusammenarbeit mit Marcel Meili, mit welchem er 1987 ein gemeinsames Büro gründet. 1990 ist Markus Peter Dozent an der Sommer Akademie in Karlsruhe. 1993 bis 1995 hat Markus Peter eine Gastprofessur an der ETH Zürich inne und wird 2002 zum ordentlichen Professor berufen. Bis 2022 leitet er den Lehrstuhl für Architektur und Konstruktion. Der aktuelle Forschungsschwerpunkt ist die Arbeit und der Einfluss des Deutschen Architekten Bernhard Hans Henry Scharoun.